Disciplinas do programa

Disciplinas Obrigatórias

Fundamentos teóricos em ecologia e evolução

O objetivo dessa disciplina é integrar alguns dos principais conceitos em ecologia e evolução e desenvolver a capacidade de leitura e escrita críticas. Para tal a disciplina conta com a participação de 8-10 docentes e divide-se em dois módulos. No primeiro são realizados encontros com professores e alunos para introdução, revisão e discussão de textos referentes a grandes temas das áreas de ecologia e evolução, tais como macroevolução; conceitos e delimitação de espécies; neutralismo vs. selecionismo; especiação; radiação adaptativa; ecologia do comportamento; ecologia de populações; ecologia de comunidades, filogenia e biogeografia; ecologia da paisagem; conservação. No segundo módulo os alunos serão orientados a escrever um ensaio integrando conceitos de ecologia e evolução.

Metodologia e comunicação científica

Nesta disciplina o aluno de pós-graduação deverá integrar conhecimentos teóricos e práticos sobre o método científico e suas aplicações na área de "Ecologia e Evolução", com especial ênfase sobre os aspectos relacionados com o pensamento racional e a ciência; a formulação de perguntas, hipóteses e previsões; o planejamento de projetos; a captação de verbas; a execução de projetos; a redação de artigos e resumos científicos; a elaboração de apresentações orais; e cientometria.

Seminários em ecologia e evolução

O objetivo dessa disciplina é a discussão dos projetos e resultados em andamento das dissertações tanto com os docentes quanto entre alunos. Nesta disciplina, os alunos farão uma apresentação oral do seu projeto ou dissertação em andamento e eles serão arguidos por no mínimo três professores do programa além dos colegas presentes

Disciplinas eletivas

Aplicação de ferramentas moleculares em ecologia e evolução

Introdução aos diferentes marcadores moleculares usados na caracterização da diversidade biológica em seus diferentes níveis hierárquicos, sua aplicação no entendimento de padrões e inferência de processos evolutivos e ecológicos e em questões relativas à conservação da biodiversidade. Análise genética - molecular e citogenética - de populações (quantificação da diversidade genética, métodos para inferências demográficas e estudo da estrutura populacional). Marcadores moleculares em estudos filogenéticos e filogeográficos. Caracterização molecular e cromossômica de espécies, indivíduos e sexo para a resolução de incertezas taxonômicas, delimitação de espécies e de unidades de manejo, estudo de hibridização e análise forense.

Aspectos históricos e conceituais da sistemática filogenética

História da sistemática e as escolas taxonômicas. Sistemática Filogenética. Princípios e métodos de inferência filogenética. Aspectos históricos, filosóficos e metodológicos da máxima parcimônia, máxima verossimilhança e análise bayesiana. Taxonomia integrativa. 

Bioinformática Geral

O curso de Bioinformática tem como objetivo central conduzir os alunos a uma jornada de descoberta no fascinante universo onde a biologia e a ciência de dados se encontram. A proposta é capacitar os estudantes a compreenderem a revolução que as ciências biológicas vêm experimentando, impulsionada pela aplicação de métodos matemáticos, computacionais e estatísticos. O foco principal é explorar a intrincada dinâmica molecular dos seres vivos, desvendando os mecanismos da evolução das espécies, as tecnologias de ponta para medição de fenômenos moleculares e os vastos repositórios públicos de dados biológicos. Os alunos serão imersos em um aprendizado prático, com a introdução às técnicas de processamento de dados, ferramentas essenciais para extrair informações biológicas relevantes. Além disso, terão a oportunidade de analisar exemplos reais de problemas e soluções em bioinformática, aprofundando sua compreensão e desenvolvendo habilidades práticas para enfrentar os desafios do mundo real.

Diversidade, classificação e evolução de heteroptera (insecta: hemiptera), com ênfase na fauna neotropical

Introdução: diversidade e aspectos gerais da morfologia. Histórico dos estudos dos Heterópteros no mundo e na região Neotropical. Filogenia e classificação: principais hipóteses e cenários evolutivos. Filogenia, Classificação e Diversidade das grandes linhagens (Infraordens): Enicocephalomorpha, Dipsocoromorpha, Leptopodomorpha, Gerromorpha, Nepomorpha, Cimicomorpha e Pentatomomorpha. Evolução e diversidade das principais famílias de cada Infraordem. Evolução de Heteroptera na região Neotropical. Relações dos heterópteros com outros organismos. Heteroptera de importância econômica. Métodos de coleta, preparação e montagem. Reconhecimento de famílias, gêneros e principais espécies. Desenvolvimento de projeto com tema relacionado aos assuntos abordados.

Diversidade de angiospermas na Mata Atlântica

O objetivo desta disciplina é fornecer ao aluno conhecimento teórico sobre a classificação e evolução de caracteres no grupo das Angiospermas e capacitá-lo para reconhecer as principais famílias de Angiospermas ocorrentes na Mata Atlântica. Durante esta disciplina, os seguintes conteúdos serão aboradados: caracterização de Angiospermas; classificação atual das Angiospermas; caracterização de grupos taxonômicos relevantes daMata Atlântica; métodos de coleta e tratamento de material botânico; utilização de chaves de identificação botânica; principais famílias de Angiospermas na Mata Atlântica.

Diversidade e interação de parasitos de organismos aquáticos

Essa disciplina tem como objetivo o estudo da biodiversidade de parasitos encontrados infectando vertebrados aquáticos, buscando entender aspectos dos ciclos de vida, coevolução, distribuição, impactos do parasito sobre as populações dos hospedeiros e a interação parasito-hospedeiro-ambiente, tanto em ambiente natural como em sistemas de criação.

Divulgação científica

(1) Por que divulgar?; (2) A importância do público-alvo: mídia e conteúdo; (3) A importância de contar histórias (e como fazê-las); (4) Jornalismo científico (Palestra com Dr. Carlos Fioravanti da Revista FAPESP); (5) Percalços comuns ao por a mão na massa; (6) Roteirizando a ciência; (7) Divulgando com desenhos e cores (Ministrado pela Vanessa Sontag da Illuscientia). 

Ecofisiologia e energética animal

Processos adaptativos e evolução de caracteres fisiológicos; princípios fisiológicos aplicados ao estudo da ecofisiologia; taxa metabólica e relações com a massa corpórea; orçamento energético e métodos de estudo em fisiologia metabólica; ambientes extremos e relações com a capacidade metabólica; mudanças sazonais e sua influência sobre o balanço energético; efeitos das mudanças ambientais provocadas pelo homem sobre o desempenho fisiológico de animais.

Ecologia comportamental

Esta disciplina é uma introdução à Ecologia comportamental, possibilitando que o aluno tenha contato com os seguintes tópicos: Histórico da Ecologia comportamental; Abordagem proximal e evolutiva ao estudo do comportamento; História natural, Etologia e Ecologia comportamental; Uso da lógica em Ecologia Comportamental; Seleção natural e comportamento; Teste de hipóteses em Ecologia comportamental; Desenvolvimento e controle do comportamento; Ecologia sensorial; Altruísmo; Comunicação; Decisões econômicas; Interações presa-predador; Competição por recursos; Seleção sexual; Sistemas de acasalamento e cuidado parental; Síndromes comportamentais; Comportamento humano. Cada aula será composta de aula expositiva seguida de discussão de paper. Na última aula os alunos farão apresentações sobre um dos tópicos acima em algum táxon escolhido por eles.

Ecologia de paisagens e planejamento da conservação da biodiversidade

Introdução à Ecologia de Paisagens – histórico, abordagens e definições; Paradigmas conceituais da Ecologia de Paisagens – relações entre Estrutura-Função-Mudança, Padrão-Processo e escalas Espaço-Temporais; Métodos de amostragem e análise da paisagem; Aplicações da Ecologia de Paisagens no planejamento e a gestão da conservação da biodiversidade. 

Filogeografia comparada

Essa disciplina irá abordar diferentes aplicações da filogeografia. Serão explorados princípios de genética de populações, filogenética e biogeografia a fim de discutir sobre processos evolutivos que moldaram a biodiversidade em diferentes escalas espaciais. De forma prática, o curso permitirá aos alunos testar diferentes hipóteses demográficas a partir do uso de simulações e o método de Computação Bayesiana Aproximada. Para isso, o curso apresentará uma introdução à linguagem R, estatísticas de genética de populações e modelo coalescente.

Formação prática do pesquisador-docente e o ingresso na carreira acadêmica

Tratar das práticas pedagógicas no Ensino Superior.  Analisar criticamente o processo de formação dos pós-graduandos e as diversas atividades de um docente pesquisador, desde a docência, orientação, pesquisa, captação de recursos, etc. Abordar as questões éticas relacionadas com pesquisa, orientação, instituição e pares. Compreender o processo seletivo para ingresso na carreira acadêmica.

Inferência filogenética

Histórico. Delineamento de projetos em filogenia morfológica e molecular. Preparação da matriz de dados. Princípios em bioinformática e instalação dos programas. Caracteres morfológicos: descrição e codificação. Sequências de DNA: amostragem, escolha das regiões, alinhamento, qualidade dos dados. Critério da Parcimônia Máxima. Pesagem. Grupo externo e polarização de caracteres. Modelos de substituição. Métodos de distância. Critérios de Verossimilhança Máxima e Inferência Bayesiana. 

Introdução à computação científica

Sistemas operacionais. Noções de hardware. Shell: operações com linha de comando. Instalando e rodando programas. Arquivo de texto e "regular expressions". Planilhas e "relational databases"."Scripting". Trabalhando com servidores remotos. Clusters e Cloud computing. Práticas direcionadas às linhas de pesquisa dos alunos.

Introdução a linguagem R

A linguagem de programação R é uma ferramenta muito útil para diversos objetivos na ciência, incluindo organização de dados, estatística descritiva, estatística inferencial, elaboração de figuras e gráficos, entre outros. Essa disciplina foca na introdução na linguagem, direcionado às/aos alunas/os sem experiência prévia com R. A disciplina foca na aprendizagem de operações básicas e da lógica geral de R, com o objetivo de fornecer aos/às alunas/os um acesso inicial ao R, sem inclusão de conteúdo estatístico (disciplina aberta para alunas/os de todos os PPGs da Unifesp).

Invasões biológicas: processos, impactos e manejo

Tratar dos conceitos principais em Biologia da Conservação. Conhecer a origem, processos e impactos ecológicos e socio-economicos causados pelas espécies invasoras. Avaliar os casos de algumas espécies invasoras no Brasil.

Princípios em planejamento e análise de dados em ecologia

1. Importância da estatística na pesquisa científica; 2. Teste de hipótese e inferência estatística; 3. Entendendo o valor de P; 4. A lógica dos testes clássicos frequentistas; 5. Bases do delineamento experimental/amostral; 6. Modelos Lineares Simples; 7. Modelos Lineares Múltiplos; 8. Modelos Lineares Generalizados (poisson, binomial); 9. Modelos Lineares Mistos.

Sequenciamento de nova geração aplicado a estudos ecológicos e evolutivos

Neste curso teórico serão abordados diversos temas envolvendo desde o delineamento experimental de estudos ecológicos e evolutivos com uso de dados de Sequenciamento de Nova Geração (NGS) até as análises evolutivas (filogenéticas e filogeográficas) nas quais esses dados podem ser aplicados. As diferentes plataformas existentes atualmente para a obtenção de dados NGS serão apresentadas juntamente com ferramentas de bioinformática e programas para tratamento e análise de dados, análises filogenéticas e filogeográficas.