Disciplinas do programa

Disciplinas Obrigatórias

Fundamentos teóricos em ecologia e evolução

O objetivo dessa disciplina é integrar alguns dos principais conceitos em ecologia e evolução e desenvolver a capacidade de leitura e escrita críticas. Para tal a disciplina conta com a participação de 8-10 docentes e divide-se em dois módulos. No primeiro são realizados encontros com professores e alunos para introdução, revisão e discussão de textos referentes a grandes temas das áreas de ecologia e evolução, tais como macroevolução; conceitos e delimitação de espécies; neutralismo vs. selecionismo; especiação; radiação adaptativa; ecologia do comportamento; ecologia de populações; ecologia de comunidades, filogenia e biogeografia; ecologia da paisagem; conservação. No segundo módulo os alunos serão orientados a escrever um ensaio integrando conceitos de ecologia e evolução.

Metodologia e comunicação científica

Nesta disciplina o aluno de pós-graduação deverá integrar conhecimentos teóricos e práticos sobre o método científico e suas aplicações na área de "Ecologia e Evolução", com especial ênfase sobre os aspectos relacionados com o pensamento racional e a ciência; a formulação de perguntas, hipóteses e previsões; o planejamento de projetos; a captação de verbas; a execução de projetos; a redação de artigos e resumos científicos; a elaboração de apresentações orais; e cientometria.

Seminários em ecologia e evolução

O objetivo dessa disciplina é a discussão dos projetos e resultados em andamento das dissertações tanto com os docentes quanto entre alunos. Nesta disciplina, os alunos farão uma apresentação oral do seu projeto ou dissertação em andamento e eles serão arguidos por no mínimo três professores do programa além dos colegas presentes

Disciplinas eletivas

Aplicação de ferramentas moleculares em ecologia e evolução

Introdução aos diferentes marcadores moleculares usados na caracterização da diversidade biológica em seus diferentes níveis hierárquicos, sua aplicação no entendimento de padrões e inferência de processos evolutivos e ecológicos e em questões relativas à conservação da biodiversidade. Análise genética - molecular e citogenética - de populações (quantificação da diversidade genética, métodos para inferências demográficas e estudo da estrutura populacional). Marcadores moleculares em estudos filogenéticos e filogeográficos. Caracterização molecular e cromossômica de espécies, indivíduos e sexo para a resolução de incertezas taxonômicas, delimitação de espécies e de unidades de manejo, estudo de hibridização e análise forense.

Aspectos históricos e conceituais da sistemática filogenética

História da sistemática e as escolas taxonômicas. Sistemática Filogenética. Princípios e métodos de inferência filogenética. Aspectos históricos, filosóficos e metodológicos da máxima parcimônia, máxima verossimilhança e análise bayesiana. Taxonomia integrativa. 

Bioinformática Geral

O curso de Bioinformática tem como objetivo central conduzir os alunos a uma jornada de descoberta no fascinante universo onde a biologia e a ciência de dados se encontram. A proposta é capacitar os estudantes a compreenderem a revolução que as ciências biológicas vêm experimentando, impulsionada pela aplicação de métodos matemáticos, computacionais e estatísticos. O foco principal é explorar a intrincada dinâmica molecular dos seres vivos, desvendando os mecanismos da evolução das espécies, as tecnologias de ponta para medição de fenômenos moleculares e os vastos repositórios públicos de dados biológicos. Os alunos serão imersos em um aprendizado prático, com a introdução às técnicas de processamento de dados, ferramentas essenciais para extrair informações biológicas relevantes. Além disso, terão a oportunidade de analisar exemplos reais de problemas e soluções em bioinformática, aprofundando sua compreensão e desenvolvendo habilidades práticas para enfrentar os desafios do mundo real.

Diversidade, classificação e evolução de heteroptera (insecta: hemiptera), com ênfase na fauna neotropical

Introdução: diversidade e aspectos gerais da morfologia. Histórico dos estudos dos Heterópteros no mundo e na região Neotropical. Filogenia e classificação: principais hipóteses e cenários evolutivos. Filogenia, Classificação e Diversidade das grandes linhagens (Infraordens): Enicocephalomorpha, Dipsocoromorpha, Leptopodomorpha, Gerromorpha, Nepomorpha, Cimicomorpha e Pentatomomorpha. Evolução e diversidade das principais famílias de cada Infraordem. Evolução de Heteroptera na região Neotropical. Relações dos heterópteros com outros organismos. Heteroptera de importância econômica. Métodos de coleta, preparação e montagem. Reconhecimento de famílias, gêneros e principais espécies. Desenvolvimento de projeto com tema relacionado aos assuntos abordados.

Diversidade de angiospermas na Mata Atlântica

O objetivo desta disciplina é fornecer ao aluno conhecimento teórico sobre a classificação e evolução de caracteres no grupo das Angiospermas e capacitá-lo para reconhecer as principais famílias de Angiospermas ocorrentes na Mata Atlântica. Durante esta disciplina, os seguintes conteúdos serão aboradados: caracterização de Angiospermas; classificação atual das Angiospermas; caracterização de grupos taxonômicos relevantes daMata Atlântica; métodos de coleta e tratamento de material botânico; utilização de chaves de identificação botânica; principais famílias de Angiospermas na Mata Atlântica.

Diversidade e interação de parasitos de organismos aquáticos

Essa disciplina tem como objetivo o estudo da biodiversidade de parasitos encontrados infectando vertebrados aquáticos, buscando entender aspectos dos ciclos de vida, coevolução, distribuição, impactos do parasito sobre as populações dos hospedeiros e a interação parasito-hospedeiro-ambiente, tanto em ambiente natural como em sistemas de criação.

Divulgação científica

(1) Por que divulgar?; (2) A importância do público-alvo: mídia e conteúdo; (3) A importância de contar histórias (e como fazê-las); (4) Jornalismo científico (Palestra com Dr. Carlos Fioravanti da Revista FAPESP); (5) Percalços comuns ao por a mão na massa; (6) Roteirizando a ciência; (7) Divulgando com desenhos e cores (Ministrado pela Vanessa Sontag da Illuscientia). 

Ecofisiologia e energética animal

Processos adaptativos e evolução de caracteres fisiológicos; princípios fisiológicos aplicados ao estudo da ecofisiologia; taxa metabólica e relações com a massa corpórea; orçamento energético e métodos de estudo em fisiologia metabólica; ambientes extremos e relações com a capacidade metabólica; mudanças sazonais e sua influência sobre o balanço energético; efeitos das mudanças ambientais provocadas pelo homem sobre o desempenho fisiológico de animais.

Ecologia comportamental em vertebrados

O objetivo da disciplina é fornecer os fundamentos para o estudo da ecologia comportamental de vertebrados, abordando os principais conceitos e aspectos teóricos da área. A disciplina promoverá uma ampla discussão sobre os avanços mais recentes e o futuro da área, além de explorar o desenvolvimento de um delineamento experimental adequado para testes de hipóteses em campo ou em ambientes controlados. A importância da história natural como base para os estudos no campo da ecologia comportamental será ressaltada, levando em consideração os processos ecológicos e evolutivos para explicar a ocorrência e o valor adaptativo dos padrões comportamentais observados. Além disso, a disciplina objetiva a compreensão de aspectos comportamentais no estudo da variação individual intraespecífica, bem como o uso de padrões comportamentais nas comparações interespecíficas.

Ecologia de paisagens e planejamento da conservação da biodiversidade

Introdução à Ecologia de Paisagens – histórico, abordagens e definições; Paradigmas conceituais da Ecologia de Paisagens – relações entre Estrutura-Função-Mudança, Padrão-Processo e escalas Espaço-Temporais; Métodos de amostragem e análise da paisagem; Aplicações da Ecologia de Paisagens no planejamento e a gestão da conservação da biodiversidade. 

Filogeografia comparada

Essa disciplina irá abordar diferentes aplicações da filogeografia. Serão explorados princípios de genética de populações, filogenética e biogeografia a fim de discutir sobre processos evolutivos que moldaram a biodiversidade em diferentes escalas espaciais. De forma prática, o curso permitirá aos alunos testar diferentes hipóteses demográficas a partir do uso de simulações e o método de Computação Bayesiana Aproximada. Para isso, o curso apresentará uma introdução à linguagem R, estatísticas de genética de populações e modelo coalescente.

Formação prática do pesquisador-docente e o ingresso na carreira acadêmica

Tratar das práticas pedagógicas no Ensino Superior.  Analisar criticamente o processo de formação dos pós-graduandos e as diversas atividades de um docente pesquisador, desde a docência, orientação, pesquisa, captação de recursos, etc. Abordar as questões éticas relacionadas com pesquisa, orientação, instituição e pares. Compreender o processo seletivo para ingresso na carreira acadêmica.

Inferência filogenética

Histórico. Delineamento de projetos em filogenia morfológica e molecular. Preparação da matriz de dados. Princípios em bioinformática e instalação dos programas. Caracteres morfológicos: descrição e codificação. Sequências de DNA: amostragem, escolha das regiões, alinhamento, qualidade dos dados. Critério da Parcimônia Máxima. Pesagem. Grupo externo e polarização de caracteres. Modelos de substituição. Métodos de distância. Critérios de Verossimilhança Máxima e Inferência Bayesiana. 

Introdução à computação científica

Sistemas operacionais. Noções de hardware. Shell: operações com linha de comando. Instalando e rodando programas. Arquivo de texto e "regular expressions". Planilhas e "relational databases"."Scripting". Trabalhando com servidores remotos. Clusters e Cloud computing. Práticas direcionadas às linhas de pesquisa dos alunos.

Introdução a linguagem R

A linguagem de programação R é uma ferramenta muito útil para diversos objetivos na ciência, incluindo organização de dados, estatística descritiva, estatística inferencial, elaboração de figuras e gráficos, entre outros. Essa disciplina foca na introdução na linguagem, direcionado às/aos alunas/os sem experiência prévia com R. A disciplina foca na aprendizagem de operações básicas e da lógica geral de R, com o objetivo de fornecer aos/às alunas/os um acesso inicial ao R, sem inclusão de conteúdo estatístico (disciplina aberta para alunas/os de todos os PPGs da Unifesp).

Invasões biológicas: processos, impactos e manejo

Tratar dos conceitos principais em Biologia da Conservação. Conhecer a origem, processos e impactos ecológicos e socio-economicos causados pelas espécies invasoras. Avaliar os casos de algumas espécies invasoras no Brasil.

Princípios em planejamento e análise de dados em ecologia

1. Importância da estatística na pesquisa científica; 2. Teste de hipótese e inferência estatística; 3. Entendendo o valor de P; 4. A lógica dos testes clássicos frequentistas; 5. Bases do delineamento experimental/amostral; 6. Modelos Lineares Simples; 7. Modelos Lineares Múltiplos; 8. Modelos Lineares Generalizados (poisson, binomial); 9. Modelos Lineares Mistos.

Sequenciamento de nova geração aplicado a estudos ecológicos e evolutivos

Neste curso teórico serão abordados diversos temas envolvendo desde o delineamento experimental de estudos ecológicos e evolutivos com uso de dados de Sequenciamento de Nova Geração (NGS) até as análises evolutivas (filogenéticas e filogeográficas) nas quais esses dados podem ser aplicados. As diferentes plataformas existentes atualmente para a obtenção de dados NGS serão apresentadas juntamente com ferramentas de bioinformática e programas para tratamento e análise de dados, análises filogenéticas e filogeográficas.